幻想乡一直以来出现过几次奇怪事件或现象，这些都被称为“异变”。东方Project系列作品都是以这些“异变”作主题的。原因多数都是因为妖怪们的各种理由而作的，异变开始之后，基本都是由博丽神社的巫女博丽灵梦出发调查，找出犯人加以惩罚。有时会有像雾雨魔理沙的人物一起解决异变。异变之中，精灵或是妖精的力量都会大幅增强，就算是一介妖精都能把灵梦打倒。解决大异变后，经常都会再发生小规模的骚动。

　　红雾异变是在『东方红魔乡～theEmbodimentofScarletDevil.』一作中发生的异变。时间点是第一百一十八季的夏天。幻想乡被一股红色的妖雾笼罩著，使得太阳不能照到地面，令到幻想乡即使到了夏天依然很寒冷。普通人只能忍受这股红雾30分钟，很多人都留在家中以避开这股红雾。异变的犯人是同作品中的最终头目蕾米莉亚·斯卡蕾特。由于她被太阳光直射会导致皮肤气化，于是放出这股红雾，方便自己外出。这股雾持续了半个月，雾开始扩散到幻想乡以外。担心因红雾飘到幻想乡外，令到外界知道幻想乡存在的博丽灵梦就动身找出异变的原因。雾雨魔理沙也出发了。这次异变中，蕾米莉亚也首次在符卡规则下战斗，使得符卡规则逐渐普遍起来，以后幻想乡的人们都遵守着符卡规则战斗。

　　春雪异变是『东方妖妖梦～PerfectCherryBlossom.』一作中发生的异变。时间点是第一百一十九季的春天。即使到了春天的季节仍然弥漫着冬天的气息，到了5月仍未见春天来临，还是持续下雪。异变的犯人是同作品中的最终头目西行寺幽幽子。从以前起她就对一棵名为“西行妖”的樱花树下的一具尸体产生兴趣，由于该棵樱花树长年不开花，于是幽幽子派庭师魂魄妖梦收集春度到冥界之中，希望令那棵树开花，从而看看尸体会否复活。这次异变亦成为伊吹萃香引起另一场异变的契机。

　　幽灵骚动：春雪异变后由于冥界与现世间的结界减弱，幽灵们发现了幻想乡，于是再引起这次异变。由于这次异变无法解决而被搁置一旁，最后由魂魄妖将幽灵送回原来的地方，解决了这场异变。

　　每隔三日的百鬼夜行：春雪异变与永夜异变间，『东方萃梦想～ImmaterialandMissingPower.』一作中发生，人们每隔三日就开一次宴会，每次宴会都弥漫着奇怪的雾的异变。时间点是第一百一十九季的初夏。虽然伊吹萃香和射命丸文都称之为百鬼夜行，但此异变没有给予正式的名称。异变的犯人是同作品中的最终头目伊吹萃香。由于每次都赏花宴会只持续很短时间，于是她就让人们不停地举行宴会，本人则利用自己的能力化为雾状，享受宴会时的气氛。伊吹萃香是于数百年前已被人类赶离幻想乡的鬼族一份子，在此异变之前，无人知道幻想乡仍有鬼存在。

　　永夜异变是『东方永夜抄～ImperishableNight.』一作中发生的异变。时间点是第一百一十九季的秋天。黑夜持续，没有日天。其中的详细原因，除了异变关系者以外都不清楚。实际这是“尽管到了应是满月的日子，但没有满月反而出现了初月的异变”，所以把时间停在夜晚以便解决而出现的异变。虽然对人类没有问题，但满月不出现的话对妖怪来说是一件大问题。将满月隐藏了的犯人是同作品中的最终头目八意永琳，而使黑夜持续的不是他人，正是玩家操作的角色。作中的第四关，博丽灵梦或雾雨魔理沙会起来指责玩家操作的角色引起是次异变并展开攻击。

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