被愤怒之火团团包围的首领，霎时间失去作为领袖的冷静，当下便想将“贤道三条教派”成员们，以及牵涉到计划的相关人员来个“杀无赦”。
然而，当时，首领的亲信希望首领冷静，并向首领说明箇中的利害关系，以及他的个人建议。他认为“杀无赦”的后果，轻则会令国家内各阶层的人仕人心惶惶，重则会令整个国家的军政运作完全瘫痪，加上国家处于战争时期，不宜即时进行大规模斩杀行动，同时，也要查明整个计划里的一众相关人员，当中是否有无辜者、受害者和毫不知情者，总而言之，采取行动之前，凡事都要深思熟虑，从长计议。首领听取了亲信的建议，并将特别调查小组的规模和权力都扩大了，并更名为特别调查委员会。
特别调查委员会成立后，便开始进行大规模调查，并找出相关重要文件，档案及与计划相关的研究人员和军政要员，同时，找出因计划而受牵连的无辜者、受害者和毫不知情者，保障他们不会因与计划相关，而遭到惩处或被杀，另外，委员会也着手计划好什么时候发动大规模破坏行动。
一切准备好以后，执行大规模破坏及惩处行动，也是一年半以后的事情，就在护民军进攻研究基地的前两星期，首领以贤道社最高精神导师的名义，永久开除“贤道三条教派”成员的社籍，并即时下达逮捕令，然而，“道高一尺，魔高一丈”，首领还未下达逮捕令之前，“贤道三条教派”成员早就已经收到风声，离开了京津，首领得悉以后，当然怒不可遏，首领下令彻查走漏风声的人，以及继续追捕“贤道三条教派”成员，同时，着令各出入境关口严防他们逃亡他国，可惜，只逮捕了其中的六名核心成员和一部份党羽，他们最后都被判死刑，而其余四名核心成员和一小部份党羽仍在潜逃之中，至于他们身处何方，据说有可能身处西联，也有可能身处中立国──火星自治联邦之中。
无论怎样，不论当时，还是现在，在首领和贤道社各派人士的眼中，“贤道三条教派”的存在有可能危害社会繁荣与安定，也就是这个派系，有可能会转营成为所谓的“恐怖主义”组织，所以，必须要将他们通通铲除。
经过人类基因强化改造始源工程一事，使到贤道社各派人士达成了共识，不论世界将来变成怎样，作为贤道主义的追随者，绝对有义务将这班害群之马铲除。自此以后，贤道社各派与“贤道三条教派”的长久暗战，经首领下达逮捕令和护民军进攻研究基地的那一刻起，揭开了序幕。
“所长，你也跟我一起走吧！”父亲转身向研究所所长说道。只见所长微笑着，摇头说道：“统领阁下，这项研究计划是我毕生的心血，眼看心血将幻化成泡影，老头子我活在世上，还有何意义呢？我决定要炸掉研究所，和他们同归于尽。”
所长说着说着，然后又歪着脑袋摸着头，想了一想后笑道：“再想想，从另外一个观点看来，这个计划似乎是因为他而『完美』的完成了……”
“……所长，你在说什么？”父亲不太理解所长的话。
“你不理解不要紧。”所长笑道。“统领你听清楚，我是科学家，本来就不应该相信怪力乱神的东西。可是，眼看令千金的遭遇，使我不得不相信这个世界也许有『神明』的存在。”所长冒着冷汗笑道。
“……所长，你想说什么？”父亲问道。
“我想说什么，统领难道不清楚吗？令千金能够在过千个基因改造人中脱颖而出，并非全靠令千金的个人意志，而是……”所长指着天花板笑道：“令千金是神明透过这个计划所挑选出来的妖精公主……也就说新人类。”
“新人类？”父亲睁大眼睛吃惊道：“你说她？”
“唉！人类终究是人类，并非创造宇宙，全能的造物主。”
“……”
“统领，请你听我说。”所长举起手，搭在父亲的双肩凝重地说道：“神明已经『出手』干扰了这个空间的科学法则，所以，我相信人类今后……不是……应该说是整个宇宙都不能够进行与大规模地改造人类基因、复制人等相关研究。总而言之，只要从事与人类基因相关研究工作，最终都会注定失败收场。”
“……”
“神明虽然禁止我们利用科学技术去改变自然法则，却仁慈地留下她作为人类再次进化的『始源』。”
“……”
“令千金是当代的阿尔迪(Ardi是一九九四年所发现的女性始祖地猿名称，距今约有四百四十万年历史)，神明不允许我们透过科学手段改造人类基因，然而，他却准许我们学习我们的原始祖先，透过交配繁殖，慢慢地改变人类复杂的基因。”
“……”
“人类的祖先可以进化成今天的模样，全都是神明的安排，当了科学家这么多年，为什么我现在才明白呢？哈哈哈……人类果然是渺小之极！”
“所长，你在说什么，我听不太懂你在说什么？”父亲对所长仿佛自言自语的说话不太理解。
“统领，令千金在休憩室，你快点带她走。她是人类得以进化的唯一希望。”所长说道。
当所长准备离开保安室时，转身向父亲说道：“统领！令千金就是人类的将来，你要好好对待你的女儿，让她像一般的女孩子，在阳光下快乐地成长。记住，千万不要让其他人知道她就是整个计划的幸存者。”所长向父亲敬礼后，便奔向主控制室。
“……”父亲一言不发，只有呆呆地望送着研究所所长离开。
“统领！终于找到你了！”父亲的卫兵们冲进保安室，拉着父亲说道：“统领！你在这里做什么？研究所的前门已经被护民军攻破了！看来我们要从秘道离开研究所。”卫兵们不顾父亲是否发呆，他们一个劲儿将父亲拖走，并走去秘道的入口处。