其实严格来说还有一个部门也独立于三省六部，那就是皇帝的秘书处，这是个隐匿的部门，并不为世人所知，当然，朝廷大员是知道这个部门的。
这个部门规模不大，只有几个人，以前一直由郭攸之负责，主要职责是帮助皇帝处理文书。现在郭攸之升任阁老，而且将大部分政事交给内阁后，皇帝要处理的事情少了很多，所以这个部门的规模也缩水了，重要性也降低了。
郭攸之高升后，秘书处就由诸葛望担任秘书长。在灭吴一战中，诸葛望的表现虽然没有司马懿那么老辣，但是，年纪轻轻能有这样的表现算是很不错的了。
于是，战后刘厚就将他调到秘书处工作，算是重点培养对象了。秘书处的其他成员也基本上是一些权贵子弟。千万别小看这个秘书处，这是亲近皇帝的地方，说不定将来的阁老就是从这里诞生的。
将一干机构设置完毕后，刘厚又可以偷懒做甩手掌柜了，不过这一次，机构改革带来的混乱明显比上一次强烈多了。
这次的混乱不但发生在朝堂上，还蔓延到了民间。朝堂上的混乱是意料中的事情，而且这种混乱并不是短期的，而是中长期的，必将持续几个月甚至一年时间。
那些去到新岗位的官吏，起码要用几个月到一年时间才能适应他们的新工作，甚至有一些官员始终无法适应新工作，最终只能被调整岗位。
在朝廷实施机构改革后的两三个月，民间也乱象渐生。当然，民间的混乱并不单是因为官府的管制不力，更多的原因是，大汉的社会正处于剧烈的转型当中。
过去的天朝是一个纯粹的封闭型的农业社会，由于刘厚带来了一系列的技术革新，一部分新技术已经扩散到民间，导致了民间出现了大量的手工业者，还有一些小作坊，社会正急剧地从农业社会向半农业半手工业社会转变。
当然现在离什么大工业化生产、工业革命那些东西还远着呢。虽然离大工业化生产很远，但是，大量的小作坊生产依然引起了社会的急剧变化。
由于生产工业品产生的利润远大于农业生产，在利益的驱动下，大量的农民抛弃土地，转为手工业者。
再者说，以前的天朝封闭性很高，就算生产出商品也没地方卖，这样一来，商品生产得越多就越亏。但是现在不同了，随着三个方向大军的推进，意外地打通了到西域的商路。
中原生产出来的商品可以通过丝绸之路源源不断都输出到西域，继而到中东地区，再往西方转运。一个广阔无边的市场呈现在大汉商人面前，这个广阔的市场似乎多少商品也填不满。
出口商品带来了大量金银，也带来大量的西域商品，但却不能带来粮食。没有那个商人那么傻，千辛万苦穿越万里运输粮食这种低价值的东西来中原贩卖。
大量人口从事手工业，带来的最大影响就是，大量土地被丢荒，粮食生产不足。粮食短缺，粮价必然会上涨，继而有发生饥荒的可能。
当然还有其他的一些问题，例如说，出现大量的无产者，人口向城镇集中，人口的集中又会导致治安问题变得突出，由于运进和运出城市的物资大增，城市里外的道路运输压力激增，城市的教育资源、医疗资源、社会服务、房屋供应等等，都变得短缺了起来。
这些问题一环扣一环，都是令人头痛的事情。所有的这些混乱当中，最大的问题就是粮食短缺的问题，其实，三国期间一直都有粮食短缺的问题。
战乱必然会伴随着饥荒，因为战争对于生产的破坏作用是巨大的。东汉末年，天下大乱，诸侯混战，整个天下到处都是灾民和难民。那个时候，饿殍千里的场面，随处可见。
直到三个国家格局基本确立之后，这种情况才有所好转。三个国家的建立者都是有为明君，他们都或多或少采取了一些，安置流民、休养生息等措施。
例如曹操的屯田制就是其中的代表，这些措施使得三个国家的生产都得到了一定的恢复，民生得到了一些改善。可惜三个国家无法和平共处，互相之间连年互相征战，使得粮食总是供不应求。
这三个国家之中，除了蜀汉可从岭南和交州，源源不绝地运来大量的粮食外，其他两国都处于饥荒当中。刘厚统一全国之后，魏、吴两国大量的人口压力就全压在大汉身上了。
人口是一种资源，但是也是一种压力。在能解决温饱问题的前提下，人口是任何一个统治者都喜欢的资源，但是，如果连温饱问题都解决不了，那么，人口就会成为一种负担，这个时候，人口越多负担越大，统治者就越发愁。
刘厚统一天下之后，获得了魏、吴两国大量的人口，这些人口当中有大量的无法解决温饱的难民。
虽然大汉源源不绝地从三个方向的战场输入一些物资，但是，在北方和西方两个方向，输入的东西主要是畜牧业的产品，其中能吃的东西主要是肉类和奶类。
这些东西不属于主食类的，而且价格偏高，主要是供给一些经济条件较好的人作为膳食补充。也即是说，这些都是辅食，并不能从根本上解决国内百姓粮食短缺的问题。
南方稍好一点，南方交州以南地区属于热带，这里的水稻一年三熟，每年都有大量的粮食从这里运回中原。可是，这里的地方毕竟比较狭小，这里的粮食再高产也无法完全满足，地域广阔、人口稠密的中原地区需要。
虽然，还有几个建设兵团可以帮补一下，但是，并不是所有的建设兵团都是农业生产兵团，有些是开矿的有些是修路的，这些人不但无法产出粮食，还要消耗大量的粮食。
而且别忘了，每年伴随着三个战场运入中原的物资，也同时输入了大量的俘虏，这些俘虏也是需要消耗粮食的，这也加重了中原地区的粮食负担。
大量的农业人口转变成手工业者，使得这种情况如同雪上加霜一样。社会变化那么大，这个时候最需要官府去疏导、去组织、去安置，可是，偏偏在这个时候朝堂一片混乱，上下各级官吏各种不适应，使得他们无法及时对民间的混乱作出正确的应对。