经过一场激战，尽管清军稍稍退却，但明军也损失了近三百精骑，以及两头战象。
望着随军难民哭号动天的悲惨景象，定国不禁五内俱焚，他知道如今形势已是万分危急，一旦清军再度追上，以自己目前的兵力怕是很难抵御。念及至此，定国当即决定烧毁浮桥，然后由宾州连夜撤往南宁。
腊月二十四日，定国带领着数十万军民终于艰难地退到了高州。
为了掩护军民继续退往广西，定国旋即下令以尚义、冷雄杰坚守化州，姚奇、余元玑坚守高州，靳统武坚守罗定州，务必竭尽全力阻滞清军追兵。诸将虽知此去九死一生，但还是毫不犹豫地领命而去。
在高州城内休整一日后，定国遂带着逃难军民拔营起寨，继续向着广西进发。
没过几日，清军便重新修好了浮桥，继续向西追击明军。清两广总督李率泰在藤县等地接连击溃了前来阻击的明军李先芳、廖凤、廖笃增诸部，又在高州城外大破天威营严捷将军高文贵所部兵马。
清军很快兵临城下，留守化州、高州的数千明军将士为了拖延清军，早已抱定了必死的决心，他们坚守城池直至最后一人，直到全部壮烈殉国。
只有罗定州由于不在清军的主攻范围之中，方才侥幸逃过一劫，靳统武在罗定州一直等到数十万军民尽数脱离险境，方才于次年正月，带着数千将士回到了广西境内。
至此，广东高州、雷州、廉州三府，及肇庆、罗定等十八县，广西横州、郁林二州，并北流、兴业、容、岑溪四县，全部落入了清军手中。至于琼州一带的抗清义师，虽然仍尊奉大明永历正朔，但毕竟势单力薄，已经无法再组织展开大规模的军事行动了。
定国精心筹划的恢复广东、进取江南的战略，经此一役彻底宣告失败，积攒多年的百战精锐也都毁于一旦。而在基本肃清广东境内的大股抗清义师后，清廷在占领区内的统治也愈发牢固。此消彼长，此后明朝再也没有力量和机会进入广东了，大明复兴的希望从此化作泡影。
随着明军败走，朱马喇为报当年兵败桂林之仇，下令但凡有俘获滇、黔之兵或曾经追随定国者，皆杀无赦，一时间两广大地陷入了一片血雨腥风之中。
永历九年二月，当定国率部退至南宁时，跟随他的将士就只剩下了一千余人。
南宁府古称邕州，其间山水环绕，紧临大海，进可以攻，退可以守，可谓是兵家必争之地。凭借着南宁府这一得天独厚的战略位置，定国总算摆脱了清军的追击，重新站稳住脚跟。不久又有李先芳、高文贵、靳统武等部先后率军来归，陆续聚集起了六千余众。
定国不甘心就此失败，于是命天威营高文贵、安仁将军李永爵、水师忠明将军李先芳诸部分兵东下浔州、横州，谋求再度恢复两粤。
与此同时，孙可望在贵阳也没有闲着，他以秦王的名义颁布《忠孝经》，要求天下士子研习，并将其列为考试内容。此外，还派遣堂弟孙自英与总兵白继佐等人，乔装打扮成贩运的商队，去往川陕一带刺探清廷的情报，并寻找其他可以联合的抗清盟友。
然而由于孙可望曾经派兵袭击过忠贞营的高一功，又与永历朝廷派去夔东督师的文安之交恶，当初的抗清联盟已然名存实亡，根本没有丝毫配合的默契可言，此时此刻又有何人愿意再与孙可望结盟？
至于文秀，尽管被再度启用，可他与孙可望之间隔阂甚深，当年的兄弟情义早已不复存在，两人貌合神离，互相猜忌，都担心对方会在背地里算计自己。因此当定国在广东与清军鏖战的大半年时间内，文秀始终都没能出兵，白白在贵州蹉跎岁月。
趁着明军各股势力互相勾心斗角的功夫，清廷任命的五省经略洪承畴却没有丝毫懈怠，他会同宁南靖寇大将军陈泰的八旗军，利用这段时间紧急向湖广地区集结兵力。随着清军布防完毕，留给明军的机会已经愈发渺茫了。
一直等到四月，为了配合鲁王政权张名振、张煌言所部发起的长江战役，文秀方才奉孙可望之命，统领卢明臣、冯双礼等部马步军共计六万、战象四十余头、战船千余艘，踏上了东出湖广的征途。
离开贵州后，文秀将大军集结于湖南辰州，计划先行攻占常德，切断洞庭湖西面湖北与湖南之间的联系，然后趁势一举收复长沙、衡阳、岳州，最后毕其功于一役，合围武昌。
按照既定的战略部署，文秀命卢明臣率水师沿沅江前进，自己则亲领主力大军走陆路，水陆并进向着常德方向进发。
此时正值雨季，江水暴涨，卢名臣的水军得此便利，搭乘着一百多艘战船顺江而下，于四月十七日攻克桃源县，生擒知县李瑢。不料文秀率领的主力大军却因连日降雨，溪水猛涨，道路泥泞难行，被迫滞留了数十日，以至于水陆两军相距甚远，无法互相配合作战。
洪承畴与陈泰在得知明军大举入湘的军情急报后，迅速作出反应，除了从衡州等地抽调军队回防省会长沙以外，五月初十日，洪承畴又紧急从荆州一带抽调了数千满洲八旗军赶赴常德增援，加强防御力量。
五月二十三日午夜时分，当卢明臣率水师孤军深入，抵达常德城外时，突遭清军优势兵力的伏击。双方整整激战一夜，由于没能得到陆路明军的支援，至次日清晨，明军终于全线崩溃。卢明臣在突围时中箭落水而死，明军水师几乎全军覆没。
紧接着，清军又乘胜向陆路明军发起了全面反击，并于龙阳大破冯双礼率领的明军前锋。文秀水陆夹击常德的作战计划至此彻底失败，由于卢明臣的阵亡严重影响了全军士气，为了避免遭受更大的损失，文秀不得不放弃了继续进攻常德的计划，收拢兵马，徐徐退回了贵州。
孙可望本打算通过这次长江战役树立威望，为自己将来登基称帝增加筹码，不料文秀却是再度兵败而归，孙可望对此大失所望，恼羞成怒下又一次罢免了文秀，将他赶回了昆明。
自湖南战事失利后，形势已然朝着越来越不利于明朝的方向发展，但孙可望似乎对此并不关心，他在贵阳不但以皇帝自居，还大兴土木营建了许多雄伟壮观的行宫，供他随时巡幸玩乐。同时为了防止定国返回云南对自己的统治构成威胁，孙可望又命刘镇国、关有才率领三营兵马共计四万余人前往田州驻防，并下令但凡定国可能途经之地，尽焚刍粮，以绝其归路。
回头再说东南方面，就在定国率大军在新会城下与清军苦战的同时，郑成功也于十月初一日发牌调集兵将，部署南征事宜，授辅明侯林察为正提督，闽安侯周瑞为副提督，率三百余艘大船前往新会与定国会合。
十月十九日林察率水师大军誓师出征，至十月二十五日便已抵达了距离新会四百多里的佛堂门，然而此时林察却突然停下了进军的脚步，以各种借口裹足不前，直到十二月中旬定国兵败新会，林察的水师依旧没能出现在战场之上。
等林察率军姗姗来迟，抵达新会地界时，定国早已败退到了南宁。在得到定国战败的消息后，林察遂下令全军退往海上，又观望了数月，方才于次年五月回到了厦门。
这时候，郑成功已攻取了仙游，并将厦门改名为思明州。听闻林察安然无恙地将援粤之师带了回来，郑成功心里很是高兴，但在表面上还是装出一副愤怒的模样。他召集文武官员，当面厉声斥责援粤诸将道：“勤王入援，本是责无旁贷，尔等却坐视西宁王战败，逗留观望而回，视朝典何在？尔等分明是胆怯避战，当以军法从事！”
郑成功也明白自己这事做得实在是有点不厚道，为了挽回颜面，同时也为了能给定国一个交代，他不得不把责任全都推卸到了部将身上，将闽安侯周端削职夺爵，永不叙用。总督林察、统领王秀奇、苏茂及以下诸将，皆降级留用。
旋即，郑成功再次致书定国，对失期之事作出了解释，并希望能够继续与定国保持联络。
书信曰：“西宁王殿下惠鉴：客岁籧使遥来，同仇同袍之订，甚符夙心。用是敿干救胄，大集楼船，方刻程期，而敝员李景复以台命至，展读再四，知殿下内急君父之忧，外切仇仇之痛，不佞恨不能征帆倏忽，直扫珠江，同挈故土，以迎乘舆。讵意船师未到，而大师先已班回数日，有贵部官兵自粤来投者，细讯其故，盖以骄兵致挫。胜负兵家之常，不足深忧，但敝船逗遛，既不能先期会师，又不能奋图后援，使丑虏长驱，实与有罪焉。已将水陆各将审定功罪，乃知依违不前者，闽安侯周瑞，已重行捆责，革职闲住，乃念其有功，不然已正法矣。尚有贵水师汪都督孙泊大鹏，甚非久计，不佞现遣将员，令其乘董抵鹭，待殿下捷音重至，向我舟师齐发，甚为两便。尔时腥气，在在而然，所恃血性男子，坚乃心肠。不佞于客冬十二月，一鼓而下漳、泉、兴各郡邑，虏束手莫措，竟无敢逆我颜行者。兹已萃夺满汉，悉其精锐，倾国而来；复移援粤两酋之师，以天下全力而来攻我土地，不佞秣马厉兵，静以破之，绰绰有余。此一战也，虏力既挫，必一败而不可收，不惟江南半壁，在吾目中，即天下大势，亦约略可审，此不佞所可自信者。今援广之精锐，已悉来闽，则粤东势必空虚，乘机袭取，正其时也。殿下幸迅师入粤，或取羊城，或取高、雷、廉，定有摧枯拉朽之势，从此长驱破竹，共抵金陵，聚首策勋，顾所愿也。”
郑成功在信中委婉地指出定国此番失利的原因主要是由于骄傲轻敌所致，而自己对会师误期也负有一定的次要责任，并已对相关人员作出了军法处置。同时劝慰定国，胜败乃是兵家常事，不要太过悲观，若下次再度进攻广东， 他必然亲率大军前来会师，共同北伐，恢复大明江山。
只不过郑成功对当前形式的估计还是过于乐观了，自从新会失利后，定国所部损失惨重，元气大伤，已然失去了主动向清军进攻的实力。此外，随着孙可望野心愈发膨胀，定国此时必须在永历帝和孙可望之间作出抉择，大举反攻两广的时机已经不复存在了。