却说以陈九德为首的闽浙籍官员感觉到朱纨对他们利益造成的威胁，决定把朱纨整死，于是陈九德的一份上奏摆在了皇上的龙案之上，皇上看上奏内容，写的是：
“御史陈九德劾浙江巡视朱纨举措乖方，专杀启衅事：前者，朱纨以浙江巡抚兼理闽浙军务提督职，不守法度，任意妄为，以剿倭为名，强夺沿海商民合法贸易之权，无端没收合法商民船只财物，以致高压之下，闽浙沿海人心浮动，人人自危，有引起民变之忧。圣上采纳臣言，略削朱纨权柄，以示警告。然朱纨本性乖戾，居然不体圣意，肆意妄为，居然以剿倭为名，肆意滥杀。走马溪一役，朱纨谎称大捷，所谓剿灭贼寇数百数十云云，又将某某倭寇头领砍头示众云云，将倭寇随从百十数正法以正效尤云云。臣不敢谓其无功，然九十六人未必尽皆夷寇也。朱纨所谓‘军法从事’，中间枉与不枉，当不当，今皆不可得而知。臣不知纨何心而乃残忍如此也。臣料纨之意不过谓奉有令旗牌，可以径行杀戮。然旗牌恐为督阵而设，将以励军士之临阵退缩者，非所以用于既擒之贼。又不过谓奉有敕书，可以便宜行事，恐为随时防守，相机缴捕一应事务而言，非谓生杀之权得以自由也。纨之无知一至此哉。况且平日残暴乖方，大率类此，如凌辱知府，绑缚知县，乃用板棍齐打人两腿，伤死人命数多，两省士民怨入骨髓。据福建地方官反映，在所谓被剿灭的二百三十九人中，绝大部分是漳州当地守法公民，而在被杀戮的九十二人中，大多为漳州及温、台地区的合法商贾。朱纨不论青红皂白，肆意屠戮，其惨状不忍睹。此等极端暴虐行为，导致闽浙沿海一片哭嚎，悲惨境况惨不忍睹。臣九德愿为闽浙遭受屠戮之乡亲父老代言，恳请皇上速将罪臣朱纨捉拿归案，论其罪恶给予处罚，以示朝廷纲紀不容践踏。”
皇上看完陈九德的上疏，心中疑虑，怎么搞的啊，这朱纨怎么会这样滥杀无辜呢？皇上转念又想，也许闽浙地方官反映情况有误？皇上正在犹豫不决，御史周亮又递来一份奏折，皇上急忙看起来，只见写着：
“御史周亮劾浙江巡视朱纨以剿倭之名实为报复滥杀事：前番朱纨毁双屿港已导致闽浙沿海合法商民怨声载道，众多合法商民失去居所，被迫浪迹沿海海滨。然朱纨则以所谓剿灭倭寇数百上千以向朝廷虚报战功，谓什么大门屿大捷，浙江金乡卫大捷，镇下门大捷云云。近日又闻福建走马溪遭朱纨屠戮，近百商民遭惨杀。闽浙沿海再起骚动，皆欲生啖朱纨以报仇雪恨。臣乃福建人，闻家乡父老遭此涂炭，无法安睡，故而向皇上提出恳请，速将罪臣朱纨捉拿，量刑以正典刑，则闽浙沿海百姓幸甚，大明天下幸甚！”
笔者打一个岔，这周亮有一个好朋友张德熹的叔父张珠，就是因为与倭寇合伙在走马溪进行黑交易而被朱纨处死的。张德熹对朱纨恨之入骨，但是张德熹没有能力为叔父报仇，于是向在朝廷做官的周亮写信，哭诉叔父的冤屈，请求周亮替叔父报仇雪恨，于是周亮给皇上写了以上上疏。
皇上被一连串的奏折搞懵了，这朱纨真的这样坏吗？难道朕就看错了人吗？皇上正在满腹疑虑，又一份奏折交上来了，是给事中叶镗的，皇上看奏折，写着：
“给事中叶镗劾浙江巡视朱纨谎报军功滥杀无辜良民事：据福建地方官民反映，朱纨所谓走马溪剿倭大捷实属弥天谎言。其实情乃为朱纨于走马溪肆行屠戮合法商民，惨遭杀戮者之数令人赫然，朱纨虚报被屠戮者九十二人，然据福建地方反映，此次走马溪被屠戮者不下四五百。皇上如对臣言有怀疑，可速派御史前往闽浙实地考察，如臣言不实，则臣愿以蛊惑皇上罪受死。”
接下来有兵部尚书翁万建、兵部侍郎詹荣、南京大理寺卿林希元、同安进士许福、莆田人户部主事宋曰仁、闽县人礼科给事中黄宗概、闽县人礼部郎中林懋和、福清人宁波府推事张德熹等朝廷和地方官员纷纷向皇上先后上疏，弹劾朱纨，罪名是擅杀。
其实，以上弹劾朱纨的官员都是受到朱纨在给皇上的上疏中点名批评过的人，这些人都是闽浙籍官员中曾经与倭寇有过利益关系的人。林希元是福建同安人，曾任南京大理寺官员，广西钦州知府。在家乡组织私家船队进行货物运输，并把货船出租给他人，从中利润分成。许福是同安籍进士，有个妹妹被倭寇掳去，竟然与倭寇联姻，全家从此大富。宋曰仁是莆田人，任户部主事，有船只八艘用于走私私盐、象牙、胡椒、苏木等违禁物品。黄宗概是闽县人，任礼科给事中，与倭寇交往密切，从中获取暴利，曾经被锦衣卫捉拿参劾过。林懋和是闽县人，任礼部郎中，有关闽事都要经过他手，全不按照程序办理，导致外交纠纷和地方意见很大。张德熹是福清人，任宁波府推官。他的叔叔张珠勾结双屿岛倭寇，被官军杀了。后来福建籍倭寇被打死的，张德熹都加以收殓，葬于义冢。日本来华使团，夜间有奸人秘密投书宾馆内，捏造明廷将诛杀使者谣言。事涉外交，张德熹却恶意隐瞒拖延，奸人久拿不下。
御史周亮，也是闽县人，凭着这一层同乡关系，朱纨怀疑周亮三番五次与自己过意不去，背后定有张德熹的影子。27年7月，周亮提议说，朱纨一人管辖两省，有事时进行遥控，使得有关官员疲于奔命，大为扰民。不如将“巡抚”改成了“巡视”。嘉靖批准奏请。朱纨接旨后叫苦不迭，虽就一字之差，明摆着就是要削权。
一连串弹劾朱纨的上疏让皇上受到震动，看来这朱纨怕是真的有问题？詹荣、陈九德、周亮和叶镗都是福建人，信息来源比较可信。但是如果……如果朱纨真的像陈九德等臣所言那样，这不是显得朕用人不当吗？还是听叶镗所言，派人前往闽浙做实地考察一番，如果事实确实，则再做定论。于是皇上诏命兵科给事中杜汝祯和福建巡按御史陈宗夔前往调查。
兵科给事中杜汝祯和福建巡按御史陈宗夔奉诏命前往闽浙，调查朱纨滥杀无辜的事实。陈宗夔曾担任过浙江副使，浙江与福建毗邻，由于工作关系，陈宗夔常常去福建沿海府州县。所以陈宗夔与闽浙众多地方官和沿海各地的名门望族都有密切的联系。现在陈宗夔来到闽浙调查朱纨滥杀无辜的事实，闽浙地方官和众多名门望族都以为机会来了，于是早早做好了准备。
这一天，杜汝祯和陈宗夔到了温州，由于朱纨得到的信息是来调查自己，所以朱纨不得不回避。于是杜汝祯和陈宗夔在温州州府住了下来。温州府为两位钦差大臣举行了盛大的宴会。
宴会正在举行，州府大门外一阵骚动，听起来是出现乱子了。酒宴不得不停下来。杜汝祯和陈宗夔在数十位温州府官员的簇拥下走出州府大门，看到州府大门外的广场上聚集了数百人，看到官员们出现在大门外，一齐跪下大声哭诉起来，只听到杂乱的哭声中夹杂着哀求：
“朝廷来的青天大老爷啊，救救我们吧，我们已经无法生活下去了……为什么要没收我们赖以为生的船只啊，为什么要把我们的亲人杀死啊，我们的亲人没有犯罪啊，为什么要杀死他们啊。天啊，冤枉啊，我的亲人死得冤枉啊！朝廷来的青天大老爷啊，你们要为我们做主啊，为我的亲人报仇雪恨啊！天打雷劈的朱纨，杀人魔鬼朱纨该死啊，朝廷来的青天大老爷啊，你们一定要杀了朱纨，为我们死去的亲人报仇雪恨！让我们的亲人在阴间也得到一点安慰！朝廷来的青天大老爷啊……”
陈宗夔大声说道：“温州父老乡亲们，大家不要哭，不要哭，我们是奉皇帝爷的诏命来调查此事，既然乡亲父老有冤情，我们一定向皇上如实禀报，严惩朱纨。大家都回去吧。”
接着杜汝祯也向人们说了类似的话，请愿的群众逐渐回去了。杜汝祯和陈宗夔在官员们的簇拥下回到了席上。官员们向杜汝祯和陈宗夔二人汇报了情况，印证了请愿者的哭诉。杜汝祯和陈宗夔二人拿出小本本把事情记录下来。
这一天，杜汝祯和陈宗夔二位钦差大臣来到福建漳州府龙溪县。二位钦差大臣在离县城四五里的地方看到一个场面，在一个村子附近的一块平地里聚集着许多人，都穿着白衣服，似乎还有哭声。陈宗夔提出去那里看看，杜汝祯同意了，于是二位钦差大臣在护卫的簇拥下向那个地方走去。距离越来越近了，啼哭声也越来越大了，杜汝祯和陈宗夔看到，平地里停放着十多具棺材，棺材都已经封敛了。每一具棺材都有许多人围着哭。二位钦差大臣感到奇怪，为什么一个村子同时死了这么多人呢？于是陈宗夔首先发问：
“敢问乡亲父老，这是怎么回事？为什么同时死了这么多人？”
陈宗夔这一问，在场的上百人都嚎啕大哭起来，一时间，撕心裂肺的嚎啕声令人心惊。二位钦差大臣把一个老人叫到僻静处问：“这位老伯，这里发生什么事了？”
老伯抽泣着问：“看起来二位是官爷？”
“是的，我们是皇帝爷派来的人，在这里考察民情，看到你们这里好像发生了什么事，于是过来看看。老伯，这里没有发生什么事吧？”
“还没有发生什么事？人都要死光了，这个天打雷劈的朱纨！朝廷为什么把那么一个杀人魔王派到我们福建来？福建要遭大难了。”
“到底怎么回事？”
“官爷，你们看看坪坪里这十三口棺材，是在一个多月以前被朱纨手下的卢铛和柯桥杀死的。本来早就应该把他们埋了，让死者入土为安，但是年轻人都不肯埋，他们说，不把那些杀人者抵了命，为死者报了仇雪了恨，就不能把亲人埋了，于是棺材如今还停着。”
“你们有能力报仇雪恨吗？”
“我们普通老百姓是没有能力为亲人报仇雪恨，但是我们龙溪县有人在朝廷做官，我们已经把情况向他们写信报告了，估计很快就会有消息。”
“你们这里还有人在朝廷做官？他们是谁？”
“詹荣就是我们龙溪人，还有周亮和叶镗都是我们漳州人。我们都给他们写了信，要求他们把情况向皇帝爷报告，皇帝爷知道了，估计能够为我们小老百姓做主。”
“你们的亲人没有参与倭寇的烧杀抢掠吗？是不是有通倭行为？就是说，给倭寇通风报信？”
“没有，绝对没有。那姓朱的来了以后实行连坐法，如果本里有人通倭，同里的居民必须向官府报告，如果有隐瞒不报，一旦有人检举出来，则同里的居民一律以通倭论处，轻则坐牢，重者砍头。军令如此严厉，还有人敢通倭吗？但是前面姓朱的到了漳州，说漳州倭寇活动猖獗，要求百姓互相检举。这样以来，许多平日关系不和的人就借机会整人，说某某某某通倭，某某某某通倭。卢铛和柯桥也不调查实情，只要有人检举就抓起来。被抓的人不少啊，大的村子有好几十，小村子也有七八个或十几个。我们村里就被抓了十三个。名单报到上面，姓朱的也不派人调查，命令下面一律按通倭论处，全部砍头示众。惨啊，冤死的好多啊。”老伯说着又哭起来了。
杜汝祯和陈宗夔听了老伯这一番哭诉，沉吟良久，轻叹一声说，看来不需要再做调查了。有了温州和漳州两次血淋淋的、触目惊心的场面，朱纨不应该再在地方上作孽了。于是杜汝祯和陈宗夔二人决定立即回朝廷向皇上禀报。
老夫打一个岔，既然陈九德等人有意要搬到朱纨，在杜汝祯和陈宗夔二位钦差大臣必经的道路上（考察路线可以由地方官引导）制造几个假现场还不容易？上面停放着十多具棺材的场面就是临时制造的假现场，当然二位钦差大臣也不可能开棺检查的。
皇上看了杜汝祯和陈宗夔关于调查朱纨的奏折，奏折中有“其后诸贼已擒，又不分番民首从，擅自行诛，使无辜并为鱼肉，诚如九德所言者，纨既身负大罪，反腾疏告捷，而镗，乔复相与佐之，法相首论其冒功”等语。基本上相信了朱纨滥杀无辜的事实。为了小心起见，皇上又诏命兵部三法司对朱纨一案进行复核。结果得出的结论跟杜汝祯与陈宗夔的调查结论一样。
嘉靖二十九年十月，皇上下诏免去朱纨一切军政职务。诏命将卢镗和柯乔拘捕入狱。布告闽浙沿海各府州县。
朱纨收到朝廷的处罚文书，立即赶回苏州的老家。朱纨知道自己的处境非常危险。职务在身时，仇敌还有所忌惮而不敢下手。现在没有了护身符，只怕仇人很快就要下手了。朱纨经过深思熟虑，为了避免仇人危急家人，决定自行了断。朱纨与家人欢欢喜喜举行了晚宴，然后洗浴了，把自己关在寝房里，为自己写好了墓志铭，并作了一首绝命词：
“纠邪定乱，不负天子，功成身退，不负君子。吉凶祸福，命而已矣。命如之何，丹心青史。一家非之，一国之非。人就无死，惟成吾是。”
做好了这一切，朱纨将一杯鸠酒一饮而尽。朱纨在安睡中离开了这个纷乱的世界。