眨眼间到了八月初三，这一天，有倭寇牛头大型战船和哨船闯入温州附近海面的大门屿海域，福建福州左卫指挥使陈言所统辖的福州兵马宗胜、唐弘臣等将领率领水师对倭寇战船进行夹攻，打死倭寇十五名，其中包括昔吊、安朵二、不礼舍识、毕多罗、哆咪、来奴八名；暹罗国的伊莉引、利舍、利茧三人；海贼干种、吴如庆、车再一、谭明才四人。打死倭寇大小头领五人，缴获倭寇哨船一只，叭喇唬船一只，飞枪两根。
初八这天，福建都司都指挥卢铛追赶倭寇至浙江金乡卫蒲、壮二卫所地方，与倭寇进行了激烈的战斗。激战中，明军发射火箭攻击贼船，火箭引起一只船篷着火，船篷燃烧又引起火药桶燃烧爆炸，顷刻之间，战船上三十多名倭寇官兵被烧死或者随着战船沉没沉入大海。少部分倭寇落水后在水面做垂死挣扎，被明军官兵先后捞起，经俘虏指认，活捉的人犯中，包括悬赏五百两银子的倭寇首恶一名，大总头目三名，二总头目二人，千夫一名，总铺一名。砍掉倭寇头颅七颗，夺回六月二十日被掳去男女七人，他们都是平阳县上魁包昌家的家人。缴获叭喇唬船一只，与礁石撞击打碎倭寇战船一只。少数人上岸逃跑，被温州府通判黄必显率领众人擒获五人，平阳县典吏和綜活捉了一名叫张阿惨的人，原来他是乐清县的当地人。据张阿惨交代，与礁石撞击打碎的倭寇战船上的十七人中，有十二人都是日本人，只有他与其他四人都是温州当地人。张阿惨交代，日本人知道自己被明军活捉也是死，所以船沉了，他们并不想让明军捞起做俘虏，干脆与沉船一起沉入海底。所以在官军捞起的人中没有日本人。
浙江金乡卫海战是卢铛在跟倭寇战斗中取得的又一次较大胜利。
到了九月初六，在镇下门海域又发生了明军跟倭寇战船的战斗。卢铛麾下一名叫杨和的把总率领十多艘战船与倭寇战船发生激战，杨和率领下光、刘堂、李勇、何鹏、陈嚼、秦行、曹刚、王科等战船以及乡勇林国斌、唐弘其等战船一齐向倭寇战船发起进攻。战斗中，倭寇有两艘草撇船被缴获，船上十八名倭寇被活捉，被活捉的十八名倭寇中有十三人是日本人，五人是温州当地人。其余四艘倭寇战船驶向外洋逃跑。杨和率领船队继续追赶，到了凤凰海域，船队遇上了倭寇的两艘双桅大型战船，三艘草撇船，杨和当即率领船队向倭寇战船发起进攻，倭寇见寡不敌众，率领船队向外洋逃跑，但是在最后的一艘草撇船撞在礁石上沉没，船上的人都随着沉船沉没水中。
就在朱纨指挥卢铛等将领在闽浙沿海倭寇战斗中取得节节胜利的大好形势下，朱纨收到了盖有吏部大印的公函，吏部将朱纨的浙江巡抚改为浙江巡视，降了朱纨的职务。朱纨想不通，自己一心一意为了大明朝廷做事，在整饬海防与倭寇战事方面尽心尽力，也取得了较大胜利，目前正以大好势头对倭寇发起攻势，如果朝廷不出来干预，闽浙倭患问题很可能得到根治。但是现在看起来自己的努力是出力不讨好，结局如何还难以预料。但是朱纨并不打算认命，作为大明忠臣，绝不轻易向朝廷少数狐朋狗党屈服，于是朱纨坐在了办公桌前，提起那支蝇头小楷毛笔，手腕轻动，笔尖龙飞凤舞起来，顷刻间，一篇给皇上的上疏草成：
“右副都御史、浙江巡视、闽浙海防军务提督朱纨疏曰：前蒙圣恩，差朱纨以右副都御史、浙江巡抚、闽浙海防军务提督之职赴闽浙，以统辖闽浙海防军物，鉴于闽浙倭患历时已久，闽浙沿海倭寇肆虐，已至登峰造极。以今日形势，闽浙沿海府州县皆无宁日，百姓深受涂炭。朱纨到任之日，不敢稍有懈怠，即于一年中化大力整饬军队，加强海防，加之以整饬法制，局面稍有改观，乃于今年四月开始对倭寇发起主动攻击，先是捣毁倭寇窝点双屿港，接着在温台外海域对残存倭寇穷追猛打，形势正朝着根治倭患的方向发展。想不到朝廷对我朱纨多有非议，以致担心我朱纨有僭越之嫌，乃略削朱纨之权。朱纨非贪权势之人，然则作为海疆大吏，负有海防重任，实权不足则不足以服众，不足以服众则号令不行，号令不行则军务废矣。朱纨有言，自臣破双屿，沿海势家既失利，则宣言被擒者皆良民，非贼党，用摇惑人心。又挟制有司，以胁从被掳予轻比，重者引强盗拒捕律。圣恩明鉴，今海禁分明，不知何由被掳，何由协从？若以入番导寇为强盗，海洋敌对为拒捕，臣之愚暗，实所未解。深望圣恩明察。谨疏。甲子乙丑丙寅日。”
朱纨虽然被降了职务，但是朱纨并不打算在倭寇战争的关键时刻停下来。
十月初，朱纨命令卢铛等将领率领水师追赶倭寇船队至下温盘和南麂岛附近海域，朱纨亲自率领部队进入大小门、黄坎和黔江等处，准备与卢铛形成相互呼应之势。
十二月十一日，朱纨的部队到达马岙，朱纨得到情报，有倭寇船队正向马岙驶来，于是朱纨命令船队分散停泊在马岙附近海域，准备给倭寇以突然袭击。但是倭寇船队并没有来。于是朱纨率领船队继续航行以寻找战机。
嘉靖二十八年正月初二，朱纨的船队到了南麂岛附近的官岙，正好碰上倭寇的船队，于是朱纨当机立断，命令船队散开，对倭寇船队形成包围态势。倭寇船队发现碰上了明军主力船队，且对倭寇船队形成了包围之势，一时慌乱起来。正是饥不择食慌不择路，倭寇船队中有一名叫苏老大的船长，看到明军船队出现一个空档，有机会突围出去，于是苏老大命令水手向着那个空档加紧驶进，想不到朱纨在大型福船上挥动旗帜，多艘战船立刻将那个空档位置补上，苏老大的战船被大明水师团团包围起来，一阵猛烈的炮火过后，苏老大的战船被炸毁沉没，船上数十人被沉入海底。
就在苏老大的战船被围攻的同时，有号称“彭坑大王”的倭寇三师老船也被明军包围，一阵猛烈炮火，“彭坑老大”也被炸毁沉入海底。
在官岙海战中，除了击沉以上两艘倭寇战船，被击沉的倭寇战船还有；温州卫指挥使刘堂、磐石卫指挥使刘茂、家兵梁贤合力击沉倭寇头领所在的四师老船一艘，打死和沉入海底的倭寇不计其数；温州卫指挥佥事夏光击沉苏老哨船一艘；磐石卫指挥同知王鹏等夺取倭寇黄老大船一艘。
经过这次南麂大捷，共活捉倭寇一百零二人，砍倭寇脑袋七颗，倭寇多处巢穴被捣毁，台州和温州一带倭寇多处窝点被端掉。温州和台州一带的抗倭战事告一段落。朱纨也由温州移住福宁州。
这福宁州也是倭寇猖獗的地方。朱纨由温州移住福宁州，也是为了指挥抗倭战事的方便。
在福建东山岛西南部诏安湾附近海滨有一条小溪，潺潺流水—直通到海里。原来这条溪常有海鸟在这里寻找鱼虾和贝类,由于海鸟常常聚集于溪上,民众就叫它为“鸟仔溪”。也许曾经在这里发生过故事，当地老百姓又把它改名为“走马溪”。
走马溪位于福建漳州东山县，明初的东山县叫着铜山。有历史记载说，铜山所城，原为民间牧薮，土名“东山”。还有历史记载说，“铜山者，明防倭之水寨也，环海为区，屹立于五都之东，始称‘东山”’。洪武二十年，江夏侯周德兴备海防倭，在东山筑城垣，建水寨，置守御千户所。因地连五都之铜钵，故易名铜山。于是，城、寨、所皆用“铜山”之名。因“铜山”在建县时，因江苏省已有铜山县，所以用古地名称东山县。东山县走马溪是古梅岭港海域的重要口岸之一。其溪口宽阔，群山拥簇，有古炉山屹立于溪之北，大帽山为东隅屏障，凤门山、孤面山巍然挺立于溪南畔上，地理形势特别有利于停泊船只。著名学者卜大同《备倭记》有记载：“走马溪，在五都海滨，内有东澳，亦呼贼澳，为海口藏风之处，凡寇船往来，俱泊于此。”另有史籍记载：“走马溪，在诏安县东南五十里海滨，为海口藏风之处，三、四月东南风汛，番船多自粤趋闽而入于海，南澳云盖寺走马溪，乃番船始发之处。”
从这些史料可以看出，走马溪渐已经发展成为闽粤沿海商户和国际商人贩海贸易的通商重要口岸，成为早在龙海月港兴起之前就已成为闽南粤东的外贸口岸和东西洋海商的中继站之一。村民“通番接济”，“历年官府竟莫之奈何”。在这里进行非法走私的海外商船，一般先在南澳云盖寺、诏安、走马溪等地停靠，再到浯屿停泊船只，等候海沧、月港出货，以及金门料罗、乌沙等处的接济。
嘉靖二年，按大学士夏言建议，朝廷取消市舶司，中止对外的官方和半官方的贸易。严厉的海禁并未能扼制住蓬勃发展的私人海上贸易，相反为海上走私贸易提供了有利的时机。以致海禁愈严，番货价愈高，犯禁出海的船只愈多，“片板不许下海，艨艟巨舰反蔽江而来；寸货不许入番，子女玉帛恒满载而去。”海禁使很多“资衣食于海”，或依附于海上贸易为生的百姓不得不投入海盗行列，或者与山贼合流，倭患到达巅峰。加上走马溪地处闽粤边陲海域，从明初开始就没有任何官方机构管理，也没有编入里甲、交纳赋税的“编户齐民”，呈无人管理状态，走马溪水域一带因此成为海商走私贸易的“巢穴”，故有“贼仔溪”之称。
走马溪海商活动频繁，走私贩海日趋活跃。从独自经营发展为合伙经营，形成了一个个由强有力的船头为核心的海上贸易集团，且转向海盗活动。著名海商集团许栋、许西池、谢老、严山老、许朝光等先后驻扎或逗留在走马溪一带。如果把整个梅岭港范围算在内，当时从事海商贸易活动的海商已超过一万多家。走马溪南畔岐下一带，呈现十分繁荣景象，人丁兴旺，聚居了关、丁、李、沈、施、张、潘、许、洪、罗、贾等十大姓氏。并在走马溪上流及南畔建有“天后宫”、“玄天上帝庙”、“保生大帝庙”。
朱纨来到闽浙后，为防倭，推行了更加严厉的海禁政策，禁止民间出海贸易，沿海之间的交通也都被阻断。铜山水寨一千七百名官兵、四十六只哨船，在北达漳浦六鳌、南抵广东省南澳的数百里地段查缉走私活动。
双屿港被明军捣毁后，侥幸逃脱的倭寇逃至龙海的月港和浯屿继续进行海盗走私活动，而且仍然在走马溪一带出没，找寻走私贸易的机会。
嘉靖二十八年初，明军追赶从双屿港逃出的倭寇至月港、浯屿，一部分倭寇则进入诏安县走马溪。
朱纨了解到以上情况，决定来福建福宁州亲自指挥抗倭战事。